Tiga data hasil urutan genom virus Corona penyebab Covid-19 di Indonesia merupakan tipe yang berbeda dari tiga tipe utama terkini yang sudah dikelompokkan secara global, yakni tipe S, G, dan V.
Perbedaan itu terjadi karena virus bermutasi, dan proses mutasinya merupakan bagian dari siklus hidup virus tersebut untuk dapat beradaptasi dengan lingkungan.
“Virus itu secara alami akan terus bermutasi guna beradaptasi dengan lingkungan,” kata Amin Soebandrio Kepala Lembaga Biologi Molekuler Eijkman Indonesia dilansir Antara, Jakarta, Rabu (6/5/2020).
Tiga data hasil urutan genom virus (whole genom sequencing) dari Indonesia tersebut telah dikirim Lembaga Eijkman ke GISAID, yang mengumpulkan data urutan genom virus SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 yang beredar di seluruh dunia.
Sejauh ini GISAID telah mengelompokkan tiga tipe utama dunia untuk virus Corona penyebab Covid-19 yakni tipe S, G dan V. Tiga data hasil urutan virus SARS-CoV-2 yang dikirim Indonesia tidak masuk dalam tiga tipe tersebut. Oleh karena itu, hasil urutan genom virus dari Indonesia masuk ke kategori tipe lain, yakni tipe yang belum teridentifikasi.
Seluruh hasil whole genom sequencing terhadap virus SARS-CoV-2 dari berbagai negara di dunia terkumpul dan terdata di gisaid.org.
Amin mengatakan setelah menerima tiga data hasil urutan virus SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari Indonesia, GISAID melakukan analisis secara “superficial” dengan mengelompokkan virus itu kepada kelompok-kelompok yang sudah ada. Ternyata hasil urutan genom atau whole genom sequencing dari Indonesia itu tidak masuk di kelompok yang sudah ada, yakni tipe S, G dan V.
“Mungkin akan menjadi kelompok baru dari Asia Tenggara. Kalau itu masih butuh analisis lebih lanjut dengan lebih banyak sekuens lagi,” kata Amin.
Lembaga Eijkman berupaya untuk dapat melakukan whole genom sequencing terhadap seluruh isolat positif Covid-19 di Indonesia.
Whole genom sequencing saat ini masih terus dilakukan, dan hasil urutan genom mendatang akan dikirim ke GISAID.
“Kami harus melakukan sekuensing lagi terhadap lebih banyak isolat supaya kita punya gambaran lebih ‘firm‘ (jelas tentang virus SARS-CoV-2 yang beredar di Indonesia),” ujarnya.
Hingga Rabu (6/5/2020) pukul 13.07 WIB, terdapat sebanyak 16.511 jumlah urutan genom dari SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari berbagai negara di dunia. Jumlah tersebut akan bertambah seiring lebih banyak hasil urutan genom yang dikirim berbagai negara.
Pengumpulan data urutan genom virus Corona penyebab Covid-19 terbaru berasal dari Brunei Darussalam, Singapura, Vietnam, Israel dan Indonesia.
Sejak awal wabah Covid-19, laboratorium di seluruh dunia berupaya menghasilkan data urutan genom virus untuk lebih mengenal dan memahami virus itu, yang akan menjadi masukan bagi langkah penanggulangan pandemi tersebut.
Menurut GISAID, data tersebut akan memberikan pemahaman penyakit baru dan menjadi informasi penting dalam penelitian dan pengembangan kandidat penanggulangan medis.
Data urutan genom virus itu juga sangat penting untuk merancang dan mengevaluasi tes diagnostik, melacak wabah yang sedang berlangsung, dan mengidentifikasi opsi intervensi potensial.
Dengan terhubung di GISAID, berbagai negara dapat berbagi informasi mengenai urutan genom virus Corona penyebab Covid-19 yang beredar di masing-masing negara.
Inisiatif GISAID, awalnya dikenal sebagai Inisiatif Global untuk Berbagi Semua Data Influenza, melibatkan kemitraan publik-swasta antara organisasi nirlaba Freunde of GISAID e.V., dan pemerintah Republik Federal Jerman, sebagai tuan rumah platform GISAID, Singapura dan Amerika Serikat, dengan dukungan dari filantropi swasta dan perusahaan.
Virus Bermutasi
Amin Soebandrio Kepala Lembaga Biologi Molekuler Eijkman mengatakan, yang menyebabkan virus Corona penyebab Covid-19 di Indonesia berbeda dari tiga kelompok atau tipe yang sudah ada di dunia saat ini karena virus bermutasi.
“Virus itu secara alami akan terus bermutasi untuk beradaptasi dengan lingkungan,” ujar Amin.
Menurut Amin, virus itu tidak berterbangan sendiri, tetapi bergerak mengikuti pergerakan manusia.
“Setiap kali masuk di tubuh manusia pun dia bisa bermutasi,” kata Amin.
Mutasi dapat terjadi saat proses replikasi atau perbanyakan diri virus terjadi di dalam tubuh manusia.
“Tiap kali replikasi itu, tiap kali dia memperbanyak diri dari satu misalnya masuk ke manusia kemudian menjadi beberapa puluh itu di situ terjadi perubahan tidak seperti mesin fotokopi yang bersih jadi fotokopi,” ujarnya.
Secara alami dan umum, proses mutasi dapat memberikan dua dampak yakni positif dan negatif bagi virus. Mutasi yang positif dapat membuat virus itu lebih kuat bertahan. Sementara mutasi negatif yang justru menyebabkan virusnya menjadi lemah atau mati.
“Semua mutasi ada proses seleksi, itu semuanya untuk beradaptasi dengan lingkungan,” tutur Amin.
Virus bermutasi agar mampu hidup dan berkembang di lingkungan termasuk beradaptasi dengan kondisi di Indonesia.
“Virus yang masuk di Indonesia juga demikian dia tidak langsung misalnya terbang dari Singapura ke Indonesia atau dari Malaysia ke Indonesia yang jaraknya dekat, tapi kalau dibawa oleh orang Malaysia kan dia mungkin keliling-keliling dulu. Mungkin dari Wuhan terbawa ke Eropa, dari Eropa ke Amerika misalnya terus baru ke Indonesia bisa saja,” ujarnya.
Tiga data urutan genom virus yang dari Indonesia tersebut berasal dari kasus-kasus pertama Covid-19 di Indonesia termasuk yang dari Depok, Jawa Barat, yang menjalani perawatan di Jakarta.
Isolat positif itu dipilih dalam pengurutan genom karena memiliki jumlah virus yang tinggi sehingga memudahkan proses sekuensing.
“Karena kalau jumlah virusnya tinggi kita tidak perlu melakukan kultur, tapi kalau lebih sedikit (jumlah virusnya) kita kultur dulu diperbanyak baru bisa disekuens,” tuturnya.
Proses whole genom sequencing untuk pengurutan genom itu membutuhkan waktu tiga sampai sepekan.
Belum Teridentifikasi
Bambang PS Brodjonegoro Menteri Riset dan Teknologi (Menristek)/Kepala Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) menuturkan pengumpulan data urutan genom virus SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 yang dikirim Indonesia sebagai upaya untuk bisa melihat karakter dari Covid-19 terutama yang berada atau beredar di Indonesia.
“Sejauh ini dari informasi GISAID ada tiga jenis atau tiga tipe dari Covid-19 yang ada di dunia, ada tipe S, tipe G dan tipe V. Nah di luar tiga tipe itu ada yang disebut sebagai tipe lain, jadi yang belum teridentifikasi, dan ternyata 3 whole genom sequencing yang dikirim Indonesia termasuk kategori yang lainnya, jadi tidak termasuk kategori S, G maupun V,” kata Menristek Bambang dalam konferensi video rapat gabungan bersama Komisi VI, VII dan IX DPR, Jakarta, Selasa (5/5/2020).
Menurut Bambang, pengiriman tiga data hasil urutan genom virus penyebab Covid-19 di Indonesia tersebut merupakan tahap awal.
Nantinya, Indonesia akan mengirim lebih banyak hasil whole genom sequencing dari virus Corona penyebab Covid-19 yang beredar di Indonesia.
“Ini adalah 3 whole genom sequencing pertama yang di-‘submit’ (dikirim) Indonesia ke GISAID yang mengumpulkan semua data whole genom sequencing dari berbagai negara atau di seluruh negara di dunia,” ujar Menristek Bambang.
Selain untuk memahami virus penyebab Covid-19, hasil urutan genom virus tersebut juga diperlukan untuk proses pembuatan vaksin dan obat yang efektif untuk penanganan Covid-19.
“Whole genom sequencing ini diperlukan nantinya untuk proses pembuatan vaksin, di mana setelah whole genom sequencing dilakukan atau dibuat protein rekombinan untuk menghasilkan antigen kemudian dilakukan uji coba pada hewan, kemudian uji klinis pada manusia kemudian dicoba pada skala produksi dan harapannya kemudian kita bisa memproduksi vaksin,” tutur Bambang.(ant/tin/rst)
NOW ON AIR SSFM 100
